Na místě se staroslověnskou a Velkomoravskou tradicí založil novou klášterní fundaci v roce 1205 moravský markrabě Vladislav Jindřich, mladší bratr českého krále Přemysla Otakara I. Rozsáhlá stavba klášterního areálu, z níž vynikala velká basilika s transeptem a pěti apsidami, byla dokončena v románském slohu přibližně v polovině 13. století. Privilegovaný klášter moravských Přemyslovců byl těžce poškozen za husitských válek a po obnově v 16. století živořil v mnohem skromnějších poměrech až do období baroka. Znovuobnovení slavné tradice reprezentovala zejména barokní přestavba komplexu v letech 1629 – 1635 a následná úprava po požáru v roce 1681, při níž získal klášter svoji současnou podobu; autorem projektu byl s největší pravděpodobností císařský architekt Giovanni Pietro Tencalla. Na vnitřní výzdobě velehradského klášterního chrámu po celé 18. století podíleli přední rakouští a moravští umělci jako malíři František Řehoř Ignác Eckstein, Jan Jiří Etgens, Ignác Raab, sochaři a štukatéři Balthasar Fontana, Ondřej Schweigl či Josef Winterhalder starší.

V roce 1764 byl klášter rozšířen o pozdně barokní prelaturu, nicméně už o dvacet let později, v rámci josefínských nařízení, došlo k jeho zrušení; klášterní kostel byl přeměněn na farní chrám. O obnovu řeholního života se zasloužili jezuité, kteří Velehrad získali v roce 1890, přičemž podnikli několik důležitých stavebních úprav. Těžké období 20. století bylo symbolicky zakončeno v roce 1990, kdy se po dlouhých čtyřiceti letech opět vrátili řeholníci a kdy klášter navštívil papež Jan Pavel II. Ten také roku 1985 udělil Velehradu vyznamenání Zlaté růže. Významné poutní místo, patřící už od dob Velké Moravy k hlavním politickým a kulturním centrům českého státu, nabízí kromě nevšedního setkání s prvotřídním barokním uměním také expozici nejstarších románských dějin místa.